La Presqu'île de Guérande est connue pour sa grande diversité d'espèces animales et végétales. La multitude et la variété des zonages réglementaires environnementaux attestent de cette valeur environnementale et biologique : les zones naturelles d'intérêt écologique, faunitisque et floristique y sont nombreuses. 8 sites sont également inscrits au réseau européen Natura 2000.
La responsabilité du territoire est donc grande dans le maintien de la diversité des espèces et habitats d'espèces au niveau européen.